红旗镇良种场行政区划上隶属于内蒙古自治区锡林郭勒盟太仆寺旗，红旗镇良种场的下属街道自然村居委会及其地理管辖范围内的企业事业单位也属于内蒙古自治区锡林郭勒盟太仆寺旗。