依盖尔其镇莎车县良种场行政区划上隶属于莎车县，莎车县隶属于喀什地区，喀什地区隶属于新疆维吾尔自治区，依盖尔其镇莎车县良种场的下属街道自然村居委会及其地理管辖范围内的企业事业单位也属于新疆维吾尔自治区。