新疆维吾尔自治区克孜勒苏柯尔克孜自治州阿图什市兵团农三师红旗农场行政区划上隶属于阿图什市，阿图什市隶属于兵团农三师红旗农场，兵团农三师红旗农场隶属于克孜勒苏柯尔克孜自治州，新疆维吾尔自治区克孜勒苏柯尔克孜自治州阿图什市兵团农三师红旗农场的下属街道自然村居委会及其地理管辖范围内的企业事业单位也属于克孜勒苏柯尔克孜自治州。