红旗农场行政区划上隶属于新疆维吾尔自治区昌吉回族自治州吉木萨尔县，红旗农场的下属街道自然村居委会及其地理管辖范围内的企业事业单位也属于新疆维吾尔自治区昌吉回族自治州吉木萨尔县。